关于两只小兔子是否会被母兔子分开，这主要 取决于养殖目的和兔子之间的相处情况。以下是一些关键点：
繁殖目的
如果是为了繁殖，公兔和母兔可以放在一起，因为它们需要在一起配种。
如果已经怀孕或正在生产，建议将母兔单独放在一个笼子里喂养，以避免在生产过程中互相踩踏，导致小兔子受伤。
宠物饲养
如果只是想将兔子作为宠物饲养，建议将其分开养，特别是当它们是公兔时，以避免领地争夺和打架。
生产后的处理
刚生产完的小兔通常可以和母兔分开，但需要确保母兔有足够的奶水来喂养小兔。
如果母兔是第一次生产，可能会因为紧张而试图吃掉小兔，此时需要人工干预来帮助母兔给小兔喂奶。
断奶后的处理
小兔断奶后应尽快与母兔分开，以避免母兔在喂食时赶走小兔。
特殊情况
如果小兔染上了人的气味，母兔可能会将其视为威胁并试图吃掉它们。
建议
繁殖：如果目的是繁殖，确保公兔和母兔在交配后及时分开，避免多次发情受孕。
宠物饲养：如果作为宠物饲养，建议分开养，特别是公兔之间，以防止争斗。
生产及后续：生产后应尽量隔离饲养母兔和小兔，定时喂奶，并在断奶后及时分开，以确保小兔的安全和健康。
根据这些信息，可以得出结论： 通常情况下，为了确保小兔的安全和健康，建议在出生后尽快将它们与母兔分开，特别是在生产后和断奶后。如果需要繁殖，可以在交配后适当分开，但需注意管理。