甘南州内有几所大专院校，其中包括：
甘南藏族自治州卫生学校
地址：南藏族自治州合作市人民东街52号
简介：该校是一所建校42年的国家级重点中等专业学校，设有护理、康复保健技术、医学检验、口腔工艺技术、药剂、医学影像技术、营养与保健等七个中专专业，以及藏医学、藏药学两个普通本科专业。
甘南州中等职业学校
地址：甘肃省合作市腊子口路156号
简介：这是一所全日制综合性公办普通中等职业学校，由甘南师范学校、甘南畜牧学校、甘南藏族综合专业学校三校整合而成，学校基础设施完备，包括图书楼、教学楼、实训楼、宿舍楼、学生餐厅、多功能体育馆以及标准化塑胶体育场。
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