草船借箭的故事中确实存在一些漏洞和不合理之处，以下是一些可能的原因：
大雾行船的可行性问题
故事中提到诸葛亮算定当天有大雾，并且雾非常浓厚，能见度极低。然而，极端的天气条件如大雾确实会影响行船，包括无法辨别方向和船与船之间容易发生碰撞。虽然小说里提到用绳索将船只连接起来以应对能见度低的问题，但这在实际操作中仍然存在很大风险。
火箭的使用问题
曹操军队有火箭，但在关键时刻没有使用。原因包括火箭的射程较短，可能够不到敌船；火箭容易暴露己方位置，增加被攻击的风险；以及火箭需要事先准备，而当时情况紧急，来不及准备。此外，火箭的燃料较重，会增大羽箭的阻力，影响射程和精度。
曹军的反应问题
曹操在雾中看不清敌情，只能命令弓箭手射箭。虽然箭大部分落在草人上，但这也在一定程度上达到了诸葛亮的目的。曹操可能认为这些船只只是疑兵，用来骗取火箭，或者认为大军还在后面，消耗火箭后可能会遭受更大损失。
草船借箭的规模和细节问题
故事中提到诸葛亮使用了二十艘船，每艘船上有三十余名士兵，这需要大量的人力和物力调动。而鲁肃在暗中帮助诸葛亮，周瑜却没有发现，这在逻辑上有些不合理。
风向和天气条件的矛盾
故事中提到当时是冬季，五更天能见度极低，但诸葛亮选择在这样恶劣的天气条件下行动，并且成功返回，这在现实中较为罕见。
综上所述，草船借箭的故事虽然精彩，但在一些细节和逻辑上存在明显漏洞。这些漏洞可能是创作者为了突出诸葛亮的智慧和勇气，而不顾实际情形，肆意拔高主角的结果。