上海的医院并不都是复旦大学附属的。虽然复旦大学附属的医院在上海乃至全国都有很高的声誉，但上海还有其他医科大学附属医院，例如：
1. 上海交通大学医学院附属的医院，如瑞金医院、仁济医院等。
2. 上海中医药大学附属的医院，如上海中医药大学附属龙华医院、上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院等。
3. 同济大学附属的医院，如同济大学附属同济医院、同济大学附属第十人民医院等。
因此，上海的医院体系是多元化的，并不局限于复旦大学附属。这种设置是为了更好地利用各大学的学术资源和研究优势，为患者提供更高质量的医疗服务。