凯瑟琳在《吸血鬼日记》中被关进教堂的原因有多种，具体如下：
斯特凡的爸爸为了保护神秘瀑布镇：
斯特凡的爸爸认为斯特凡可能与吸血鬼有关，因此怀疑凯瑟琳是吸血鬼。为了保护镇子，他决定消灭所有吸血鬼，并抓住了凯瑟琳。
凯瑟琳准备把斯特凡变成吸血鬼：
凯瑟琳原本计划将斯特凡变成吸血鬼，但她不知道斯特凡已经被他爸爸注射了马鞭草，喝了斯特凡的血后晕了过去。斯特凡的爸爸发现后，冲进来抓住了凯瑟琳，把她关进了教堂。
艾米莉与达蒙的交易：
当年艾米莉是凯瑟琳的女仆，在焚毁教堂的那晚，她与达蒙达成了交易，施咒把凯瑟琳和其他吸血鬼关在教堂地下，从而没有被火烧死。这个交易成为达蒙心中永远的痛，他决定永远离开这个伤心地。
达蒙的守护：
达蒙一直守护着凯瑟琳和她的家族，他遵守承诺救走了艾米丽的孩子，并且也守护着凯瑟琳。凯瑟琳被困在地下坟场一个半世纪，达蒙始终希望救出她。
综合以上几点，凯瑟琳被关进教堂的原因主要是斯特凡的爸爸为了保护镇子而采取的行动，以及艾米莉与达蒙之间的交易和达蒙的守护。这些事件共同导致了凯瑟琳被关进教堂的命运。