学校扣押毕业证的行为是 违法行为。根据《中华人民共和国教育法》和《普通高等学校学生管理规定》，学校无权扣留学生的毕业证书。毕业证书是学生按国家要求完成学业并经过考试考核后获得的证明文件，学校无权对其进行扣押。
如果学校因学生未按约定期限归还贷款或其他违约行为而扣押毕业证，这属于不合法行为。学生在这种情况下应当履行还款义务或赔偿损失，学校则应当通过合法途径，如提起诉讼，来解决争议。学生也可以向当地教育局举报学校的违法行为。
此外，如果学生已经达到了学校规定的毕业标准，学校必须颁发毕业证书。如果学校无故扣留毕业证，可能构成对学生合法权益的侵犯，学生可以通过协商、复议或诉讼等方式维护自己的权益。
综上所述，学校扣押毕业证是不合法的，学生有权要求学校颁发毕业证书，并可以通过法律途径维护自己的权益。