在《动态漫画·国民校草是女生》中，秦漠发现傅九是女生的过程是 逐步展开的。以下是一些关键点：
傅九的撩拨：
傅九在故事中向秦漠进行了撩拨，这引起了秦漠的注意和怀疑。
秦漠的怀疑与调查：
秦漠在后来的相处过程中逐渐对傅九产生了怀疑，并通过调查发现了傅九的真实身份。
反派泄露：
傅九并没有主动向全校公布自己的真实身份，而是由于反派（如小三和傅九的弟弟）的阴谋，导致这一信息被泄露出去。
大赛结束后的公开：
在某个大赛结束后，傅九的真实身份被大家所知晓，从而引发了全民沸腾的情节。
综上所述，秦漠在故事的发展过程中，通过逐步的调查和傅九的某些行为，最终发现了傅九是女生。