合肥新站区的高等教育机构主要集中在墨店的高教基地，这里主要是以高职专科院校为主，但也有一些本科院校，例如安徽中医药大学、安徽农业大学的经济技术学院、安徽技术学院和安徽大学的对外贸易学院。以下是一些具体的高职专科院校：
1. 安徽大学江淮学院
2. 合肥幼儿师范高等专科学校
3. 安徽新东方高级技工学校
4. 合肥共达职业技术学院
5. 安徽医科大学第四附属医院
6. 安徽职业技术学院
7. 合肥铁路工程学校
8. 安徽轻工职业学院（庐阳校区）
9. 安徽体育运动职业技术学院（南区）
10. 合肥学院（宁国路校区）
11. 安徽工商职业学院艺术设计学院
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