《少年派的奇幻漂流》主要讲述了两个故事：
第一个故事
派是一个生于印度并同时信仰基督教、伊斯兰教和印度教的少年，他的父亲经营着一个动物园。在派举家迁往加拿大的途中，他们所乘坐的货轮遭遇了暴风雨并在海上沉没。在这场灾难中，派的家人全部遇难，而派侥幸落在救生艇的舱盖布上得以生存，与他同处一艇的还有一条断了一条腿的斑马、一只母猩猩，以及一只成年孟加拉虎“理查德帕克”。在漂流的最初3天，智狗咬死了猩猩，活吃了斑马，老虎又杀死了狗，只剩下派和老虎相处。自知无法战胜老虎的派最终选择与它一起面生活。7个月中，他要收集淡水捕鱼捉虾，使用一切海上生存技能喂饱老虎也让自己活下来。在他们历尽各种挑战和磨难后在墨西海滩上获救，而那只老虎却头也不回地消失了。
第二个故事
救生艇上并没有动物，只有一个厨子、一个断了腿的水手，派和他的母亲。厨子杀害并吃掉了水手，然后又杀死了母亲，派忍无可忍同样地杀害并吃掉了厨子，最终活了下来。
这两个故事构成了《少年派的奇幻漂流》的核心内容，第一个故事是派与老虎在海上漂流的奇幻经历，第二个故事则是派在救生艇上经历的残酷现实。