珍妮在《阿甘正传》中对其父亲怀有深深的恨意，主要原因如下：
家庭暴力和性侵犯：
珍妮的父亲是一个酒鬼，经常对她实施家庭暴力和性侵犯。这些行为不仅毁掉了她的童年，也对她的心理和往后的人生造成了极大的阴影。
复杂的情感：
珍妮对家庭和父亲有着复杂的情感。她讨厌那个家，因为她的父亲不仅对她施加了虐待，还性侵了她。这给她带来了极大的痛苦和愤怒，让她想要逃离这个家。
无力反抗：
珍妮对父亲的无力反抗使她成年后，像反弹一样地参与反男权运动。而被父亲性侵犯的经历更是造成了她对男人的怀疑、憎恨和自虐式的滥交倾向。
心理阴影：
珍妮从小生长在单身父亲暴虐的阴影下，长大后，她的行为和选择都受到了这个伤害的影响。她曾许愿变成一只鸟，飞得越远越好，这反映了她想要逃离现实痛苦的心理。
综上所述，珍妮对其父亲的恨意主要源于童年时期遭受的家庭暴力和性侵犯，这些经历对她的心理和整个人生产生了深远的影响。