重大专项的预算工作遵循以下步骤和原则：
经费预算编制程序
经费分配方案
首席专家组织相关承担单位根据预算控制数，研究并制定经费在各子项间的分配方案。
子项牵头承担单位和项目负责人组织子项所有承担单位编制《子项经费预算表》和《项目经费核算方案表》。
预算审核与汇总
首席专家及重大专项牵头单位审核各《子项经费预算表》，汇总编制《重大专项经费预算申报书》，上报科技厅。
经费预算编制原则
综合预算原则
全面反映投入项目的专项经费和配套经费的使用情况。
同时编制经费来源和经费支出，两者平衡。
政策相符性原则
预算应符合有关的政策法规。
目标相关性原则
预算应与专项任务目标相关。
经济合理性原则
预算应经济合理，在不影响专项任务的前提下，提高资金的使用效率。
经费来源预算编制方法
经费来源包括科技专项经费和配套经费两大来源。
配套经费来源应提供出资证明及其他相关财务资料。
经费支出预算编制依据和标准
根据相关财经法律法规要求，重大专项经费支出须根据以下要求列支：
设备费：项目研究开发过程中所必需仪器设备购置等费用。
配套资金：包括其他财政拨款、单位自有资金、其他资金等。
经费支出科目控制比例：国际合作费不超过专项经费总额的5%，管理费按规定预算，差旅费、会议费、劳务费等合计数不超过专项经费总额的22%。
注意事项
鉴于科研活动的不确定性，预算编制遵循适中原则，不像工程预算那样“事无巨细”。
预算评估评审中不得简单按比例核减预算。
预算的作用是确定项目任务实施所需总费用的事前测试，是项目各任务合理分配和使用资源的基础。
以上步骤和原则为重大专项预算编制提供了基本框架，确保预算编制的科学性、合理性和合规性。