美墨自贸协定的内容主要包括以下几个方面：
关税减免
美国对墨西哥出口的工农业产品的65%将在签约之日起的5年之内享受墨西哥负税待遇，墨西哥对美国出口的工业品和农产品也在5年之内享受同样的负税待遇。
美国生产的汽车和轻型卡车将更多地进入墨西哥市场。墨西哥对美国进口的汽车和卡车征收的关税将立即减少50%。在签约之日起的5年之内，美国对墨西哥出口汽车的3/4零部件的关税率立即取消，地方内容的要求将在今后10年内逐步取消。
原产地规则
根据美墨自由贸易协定的严格的产地规定，只有具有美墨两国生产的汽车零部件和劳动力内容的车辆享有减负关税的好处。美墨自由贸易协定将要求汽车含有62.5%的北美内容，大大高于美国和加拿大自由贸易协定所要求的50%。
市场开放
美墨贸易协议规定，在近期内立即打开墨西哥的60亿美元的电信设备和服务市场。
立即取消2.5亿美元美国对墨西哥出口的纺织品和服装的贸易限制（包括限额在内），将在协定生效后的6年内取消另外7亿美元的纺织品和服装的贸易限制。所有关于服装与纺织品的贸易限制将在10年内完全取消。
贸易许可证
双边协定将立即取消墨西哥进口许可证，即占1991年美国农产品出口的25%，协议还规定，将在今后10年到15年内逐步取消其余的墨西哥进口关税。
其他条款
美墨加协定在数字贸易、知识产权、金融服务、投资、劳工和环境保护等方面进行了更新和升级。
新协定中加入了对非市场经济国家的排他性，即若三方中任何一方与非市场经济国家达成自贸协定，另外两方可将其踢出协定。
这些条款旨在促进美墨两国之间的贸易和投资，加强经济合作，并提升两国在全球市场中的竞争力。