村级巡察问题清单主要包括以下几个方面：
缺乏专业性巡察队伍
村级巡察在人员配置上存在问题，许多村级层面的巡察任务往往由基层干部担任，其所掌握的相关知识和技能有限，无法全面了解与评估村级工作中存在的问题。
巡察任务过度集中
现行村级巡察任务过度集中在节假日等特定时间段，导致其他时间段缺乏有效监督与管理，这使得一些不法分子趁机从事违规或腐败行为，影响了整个村级工作的正常运转。
工作内容单一
目前村级巡察工作主要集中在查找贪污腐败问题上，而对于监督、指导和评估工作成效等方面的关注相对较少，这使得对基层工作全局把握不足，难以发现并解决其他潜在问题。
信息收集难度大
由于信息通道受限，很多时候村级巡察无法收集到准确可靠的信息，加之与上级机构协调不畅，使得村级巡察的知情范围受到局限，导致监督效果无法最大化。
执法手段不完备
村级巡察工作中的执法手段相对薄弱，缺乏有效的处罚措施，这在某种程度上减弱了对违规行为的震慑力，给一些贪污腐败分子留下了可乘之机。
巡察责任不够明确
目前，村级巡察各项工作还存在巡察责任不够明确的问题，有时候，村级巡察的组织者依赖实施巡察的村委会或村级纪检委员会的领导，但这些领导在巡察上缺乏具体的责任与管理。
村级组织建设方面
包括村党组织和村民委员会的职责履行、队伍建设、制度建设等方面存在的问题。
村级集体资产管理方面
包括村级财务管理、“三资”管理、集体资产监督管理等方面存在的问题。
村级民主管理和民生方面
包括村民自治、村务公开、民主决策、公共服务等方面存在的问题。
村级工程建设和项目管理方面
包括村级工程建设、项目管理、招投标等方面存在的问题。
村级监督管理方面
包括村级监督管理、审计监督、执纪执法等方面存在的问题。
其他方面
包括村级组织运转保障、基层治理体系和能力建设等方面存在的问题。
巡察力度和频次不足
在推进全面从严治党的背景下，加强基层党组织巡察工作变得尤为重要，然而，实践中发现村级巡察工作存在力度和频次不足的问题。
结合实际探索实行三类问题清单
甘肃全省在对村巡察工作中，结合实际探索实行三类问题清单，即结合村级党组织职责、群众生产生活特点等，建立共性问题清单；针对城郊、涉林、涉砂、涉矿等不同村情，梳理相似风险点关注点，建立差异化问题清单；结合每个村的具体情况以及巡前收集到的信息，“一村一策”建立个性问题清单。
这些问题的存在影响了村级巡察的效果，需要通过加强专业化巡察队伍建设、明确巡察责任、完善信息收集和执法手段、细化工作内容等措施加以解决。