学校扣发大专毕业证的行为通常是不合法的。根据《中华人民共和国教育法》和相关法规，学生完成规定的学业并达到毕业要求后，学校应当颁发毕业证书。以下是具体的法律依据和情况说明：
学生权利
根据《中华人民共和国教育法》第四十二条，学生享有在学业成绩和品行上获得公正评价，并在完成规定学业后获得相应的学业证书的权利。
学校职责
经国家批准设立或者认可的学校及其他教育机构，必须按照国家有关规定颁发学历证书或其他学业证书。
特殊情况
如果学生未完成规定的学业或未达到毕业要求，学校有权不颁发毕业证书，但必须明确告知学生原因，并给予改正的机会。
如果学生严重违反校规校纪，学校可以采取包括扣留毕业证书在内的处罚措施，但这种处罚必须符合学校规章制度，并且不能侵犯学生的基本权利。
违法行为
如果学校无故扣留学生的毕业证书，或者以此为威胁要求学生做出不合理的让步，这种行为可能构成滥用权力，侵犯了学生的合法权益。
学生遇到学校扣发毕业证的情况，可以向学校提出协商处理，如果学校不予理睬，可以向教育主管部门提出复议申请或者向法院提起行政诉讼。
法律救济
学生可以向当地教育局投诉，维护自己的合法权益。
如果学校的行为构成违法，学生可以通过法律途径，如提起诉讼，来维护自己的权利。
总结来说，学校无权扣留学生的毕业证书，如果发生扣发情况，学生可以通过合法途径维护自己的权益。