南京的医学类高等教育机构包括：
南京医科大学
创建于1934年，前身为江苏省立医政学院。
1981年成为首批博士、硕士学位授予单位。
1993年更名为南京医科大学。
设有江宁校区、五台校区和常州校区（筹）。
拥有19个学院和25个本科专业。
拥有丰富的临床和公共卫生教学资源。
特色专业包括预防医学、临床医学、口腔医学、康复治疗学、护理学等。
南京中医药大学
创建于1954年，是中国建校最早的高等中医药院校之一。
是江苏省与国家中医药管理局共建高校。
是国家“双一流”世界一流学科建设高校。
中国药科大学
位于江苏省南京市，是教育部直属的全国重点大学。
是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校之一。
南京医科大学康达学院
南京医科大学的附属学院，主要开设医学类专业。
南京中医药大学翰林学院
南京中医药大学的附属学院，主要开设中医药类专业。
南京工程学院医学院
南京工程学院的附属学院，主要开设医学类专业。
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