《大鱼海棠》的故事围绕三位主角展开，分别是 椿、 鲲和 湫。
椿：椿是一个生活在海底、掌管人类自然规律的女孩。在十六岁生日那天，她变作海豚到人间巡礼，却被大海中的渔网困住，挣扎中被一个人类男孩鲲所救。为了报恩，椿用自己一半的寿命换回了鲲的灵魂。
鲲：鲲原本是人类，因救椿失去生命。椿为报恩用自己一半的寿命换回了他的灵魂，使鲲得以以鱼的形式复活。
湫：湫在故事中也起着重要作用，他是椿的青梅竹马，自幼没有父母，由奶奶抚养长大，掌管秋风。在故事中，湫为了椿和鲲在一起，用自己的生命换回了椿的寿命，最后化作人间的风雨陪在椿的身边。
这三位主角共同演绎了一段跨越生死、人神两界的感人爱情与成长故事。