根据《中华人民共和国教育法》和相关规定，学校扣留毕业证书的行为通常是不合法的。以下是具体的法律依据和理由：
学生权利：
根据《教育法》第四十二条，学生享有完成学业后获得相应学业证书、学位证书的权利。
毕业要求：
学生必须完成教育教学计划规定的内容，并且成绩合格后方能获得毕业证书。
学校职责：
学校有责任在学生满足毕业要求后发放毕业证书。
法律依据：
《高等教育法》第二十条也明确指出，学生完成学业后，学校应按照国家有关规定发给相应的学历证书。
特殊情况：
只有在学生未完成学业、违反招生规定、存在学术不端行为等特定情况下，学校才有权取消学籍并扣发毕业证书，并且必须依法进行处理并报告教育行政部门。
如果学校无正当理由扣留毕业证书，学生可以通过以下途径维护自己的合法权益：
与学校沟通协商；
向当地教育局投诉；
在必要时寻求法律帮助，如向法院提起诉讼。
请根据您的具体情况采取相应措施