学校使用毕业证威胁学生是不合法的。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》和《普通高等学校学生管理规定》，任何形式的威胁行为，包括用毕业证威胁学生，都是违法的。学生有以下几种方式来维护自己的权益：
与学校沟通：
首先尝试与学校指导老师或学院沟通，寻求问题的解决。
教育局投诉：
如果与学校沟通无果，可以向当地教育行政部门投诉。
法律途径：
如果遇到严重的威胁行为，比如涉及金钱交易等，可以报警处理。
收集证据：
在投诉或报警时，应提供相关证据，如与学校的沟通记录、通知书等。
请记住，保护自己的合法权益是非常重要的，不要忍受任何形式的威胁或违法行为。