吉首市的高等院校包括：
1. 吉首大学
主管部门：湖南省
特色专业：音乐学、生物科学、工商管理、软件工程、园林
校区：砂子坳校区、大田湾校区、医学院校区（石家冲校区）、张家界校区、热水坑校区（新校区，张家界学院独立校区）
2. 湘西民族职业技术学院
主管部门：湖南省
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